農水省は10月1日、肉骨粉などの輸入および国内での製造と販売を全面的に一時停止すると決め関係方面へ要請した。停止期間は4日から当分の間となる。
これまでは欧州連合(EU)以外の国からは輸入していたが、4日からは、すべての国からの輸入を止める。また国内では鶏、豚用は生産していたが、これも生産と出荷を停止する。 鶏や豚に肉骨粉を与えても安全性に問題はないが、間違って牛に与えたりする誤用や流用を防ぐため全面停止にした。また緊急調査では一部の農家が牛に与えていたことがわかり、国民の不信感が強いため、これを払拭するねらいがある。
これで4日以後は配合飼料や肥料に肉骨粉が混入されないことになった。
しかし、と畜場では牛の骨などを処理できないため引き続いて残さは肉骨粉としたあと焼却する。