農水省が12月５日公表した平成18年産水稲の収穫量は854万6000tで、最終作況指数は10月15日現在の作況指数「96」にその後の増減がなく確定した。
作況指数が「101」だった17年産より作付面積が１万8000ha減少したこともあり、収穫量は昨年より51万6000t減った。10a当たり収量は507kg（17年産は532kg）だった。
陸稲の収穫量は１万100tだった。
地域別で作況指数が100以上となったのは、北海道（105）と北陸（100）。北海道ではもみ数が平年よりやや多く、登熟も順調だったため、10a当たり収量は558kgだった。北陸の10a当たり収量は535kg。
本州では登熟はおおむね順調だったが、日照不足の影響でもみ数が少なく、東北は作況指数99の10a当たり収量549kg、関東・東山は96の同512kg、東海は98の493kg、近畿は98の499kg、中国は95の490kgだった。
四国ではもみ数が少なく、登熟も平年を下回り、作況指数94の10a当たり収量457kgだった。
九州では、台風13号の影響で潮風害などの被害が発生したことに加え、その後の天候が小雨だったため潮風害が進行し、さらに穂ずれ、もみずれ、倒伏などの悪条件が重なった地域の登熟が抑制され、作況指数は78の10a当たり収量390kgだった。
大きな被害を受けた九州では、佐賀（49）、長崎（68）、福岡（76）、大分（79）、熊本（85）で作況指数が90に達しなかった。
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