2006年から毎年1回、GM作物を植えない、売らない、食べないという「GMOフリーゾーン運動」の全国集会を開いており、今年は管内の遊佐町が開催地となった。集会は今年で5回め。当初宣言したフリーゾーン面積は約4700haだったが、今年2月には5万5000haを上回り運動は広がりを見せる。なかでも遊佐町が宣言した面積は北海道に続く全国2位の広さだ。フリーゾーンはほ場などに看板を立ててアピールしている。
また同JAでは青年部が中心となって耕作放棄地などに遺伝子組み換えでないナタネを栽培するプロジェクトに取り組んでいることを紹介している。