農水省が所管する公益法人に対し平成19年度に行った立ち入り検査では、半数以上で改善すべき点があったと、同省は６月13日公表した。各府省は所管公益法人に対する立ち入り検査を少なくとも３年に１回実施し、毎年度の立ち入り検査の結果を公表することが平成13年に閣僚会議幹事会で申し合わせされた。
　農水省は立ち入り検査は２年に１回、国などから補助金の交付を受けている公益法人に対しては毎年検査を実施している。
　農水省の所管法人数は437。19年度は268法人の立ち入り検査を行い、このうち半数を超える152法人で改善すべき点があったという。内訳は、農水省出身の理事が理事数全体の３分の１を超えているなど、法人運営面で問題があったのは70法人、公益事業の規模が総支出額の２分の１を超えていないなど、事業の内容・実施などの面で問題があったのは61法人、内部留保の水準が30％を超えており、今後の改善方向も明確でないなど、財務・会計面で問題があったのは101法人だった。複数の指摘事項が見つかった法人もある。農水省は指摘した事項については改善指導を行ったとしている。