５月30日の総会で「十分な審議時間が必要」だとされ、定款変更や理事・監事の選出が行われなかったＮＰＯ法人日本ＧＡＰ協会の臨時総会が、６月24日都内で開催され、提案された議案がすべて承認された。
　この結果、総会で議論が集中した理事の定数については「３分の１以上の数は、農業生産を行う」個人、法人もしくは生産者団体関係者から選出されるが、「同時に、農産物の買手（小売・中食・外食・食品メーカーやその関連団体）の理事数と同数にする」と定款が変更された。
　そして買手側理事としてダイエーの泉谷定男品質管理センター長、イオンの植原千之グリーンアイ商品本部長、日本生協連の壽原克周産直担当、ＣＧＣジャパンの辻信之生鮮日配事業本部長、イトーヨーカー堂の戸井和久青果部シニアマーチャンダイザー、日本フードサービス協会の中井尚事務局長の６名が選任された。なお、生産者側理事は７名のため、後日買手側理事１名を追加することになっている。
　また、理事長には元農水省事務次官で（財）日本農業研究所理事長の高橋政行氏が、専務理事（事務局長を兼務）に武田泰明事務局長が就任した。
　臨時総会でも流通大手が理事として参画することに対して前回の総会同様「生産者のためのシステムづくりをめざす協会の理念に沿わない」「大手流通企業のバイイングパワーに巻き込まれるのではないか」という意見が出された。
　しかし、「ＧＡＰを実施するのは農業生産者であり、その取り組みを評価するのは農産物の買手である。よって、理事の一定数は必ず農業生産者から選ばれると同時に、農産物の買手の理事数と同数とし、偏りのないバランスの取れた意思決定を実現する」（議案書から）という理事者からの提案が承認されたわけだ。
　議案書ではさらに、このことによって「農業生産者にとってＧＡＰの価値はさらに高まり、まじめにしっかり農場管理を行っている優良生産者が、正当に評価される仕組み・社会が実現します」とある。しかし買手が理事になることで、本当に「価値が高まり」「正当に評価される」ことになるのだろうか。疑問は残る。
　日本ＧＡＰ協会は、総会後、「ＧＡＰ標準化に向け、大きな一歩を踏み出せた重要な総会」であり「“信頼できる農場管理のあり方”について、農業生産・流通業界全体で議論できる体制が整った」という主旨のコメントを発表した。