○農村振興局
　地域実態に応じたきめ細かい施策を行うため、現在の「企画部」を「農村政策部」に変更し耕作放棄地対策を総括する農村振興課や、農山漁村活性化などを担当する都市農村交流課など、全４課に再編する。土地改良や設計を担う「整備部」は、資源管理をする水資源課や農地資源課のほか、防災課など全５課と農村整備官を設ける。
（現行）
「企画部」農村政策課、土地改良企画課、資源課、事業計画課、地域計画官
「整備部」設計課、水利整備課、農地整備課、地域整備課、防災課
（改正後）
「農村政策部」農村計画課、中山間地域振興課、都市農村交流課、農村環境課
「整備部」設計課、土地改良企画課、水資源課、農地資源課、防災課、農村整備官

○生産局
　現行の園芸課や種苗課などの品目別対策課を生産流通振興課に一括し、新たに担い手支援の対策別に農業生産支援課や技術普及課などを設ける。
（現行）
農産振興課、園芸課、特産振興課、生産技術課、種苗課
（改正後）
農業生産支援課、技術普及課、知的財産課、生産流通振興課、農業環境対策課

○大臣官房
（現行）
企画評価課、情報課
（改正後）
政策課、情報評価課

○経営局
（現行）
普及・女性課
（改正後）
人材育成課