太田農水相は９月16日、三笠フーズなどによる事故米の不正規流通問題に関し、つぎの通り談話を発表した。
　「消費者をはじめとする国民の皆様に大変ご心配、ご迷惑をかけており、深くお詫びする。違反を長期にわたって見逃し、結果として食の安全に対する不安を招いたことについて、責任を痛感している。消費者のかたがたに１日も早く安心していただけるよう、実態の早期解明と再発防止対策の確立に全力でとり組んでいる。
　９月12日から「事故米穀不正規流通対策特別チーム」を編成し、また、地方農政局等の食品表示Gメン約220人をこの事件に追加従事させるなど、体制を強化した。
　三笠フーズの関係では、関係企業数が約370社にもおよぶことが判明、酒、和菓子、米菓などのメーカーや給食施設、外食企業なども含まれており、農水省として今回の事態を深刻に受け止めている。
　再発防止については、食品衛生上の問題のある事故米穀の販売をやめ、輸出国への返送や、焼却など廃棄処分をおこなう。今後流通した後に食品衛生上の問題が発生したときは、流通ルートを特定できる米トレーサビリティシステムや、消費者が自ら商品を選択できる米関連商品の原料原産地表示システムを確立していきたい。」