農水省は５月14日、平成21年度病害虫発生予報第２号を発表した。４月の気温は全国的に高かったことから、病害虫の発生が早まり多くなることが懸念されている。
今回病害虫の発生が「多い」と予想されたのは稲、果樹共通、かんきつ、りんご、なし、もも、茶の７品目。
稲では、紋枯病の発生が近畿の一部地域で「多い」、北九州の一部で「多い〜やや多い」、北関東、東海の一部地域で「やや多い」となっている。紋枯病の病原ウイルスを媒介するヒメトビウンカの発生が多いため、この虫の防除をしっかり行い、発病株が認められた際には早期に抜き取り処分を。　果樹共通では、果樹カメムシ類が四国、九州の一部地域で「やや多い」と予想されている。高い気温の推移が飛来時期を早めるとし、果樹園のきめの細かい観察が大切。　
かんきつでは、ミカンハダニが南関東と近畿の一部地域で「やや多い」と予想されているほかは「平年並以下」となっている。今後降雨量が少なく、高温になると多発が懸念される。発生初期での防除が重要だ。　りんごでは、腐らん病が北東北と甲信の一部地域で「やや多い」とされ、措置部への薬剤塗布が必要。　なしでは、黒星病が南関東、北陸、東海、近畿及び北九州の一部地域で「やや多い」、ナシヒメシンクイは南関東の一部地域で「多い」とされている。
ももでは、せん孔細菌病が甲信の一部地域で「やや多い」、モモハモグリガの発生は北陸の一部地域で「多い」、甲信の一部地域で「やや多い」とされている。
茶では、チャノコクモンハマキが東海、近畿、南九州の一部地域で「やや多い」、チャハマキは南九州の一部地域で「やや多い」、カンザワハダニは北九州の一部地域で「多い」、チャノミドリヒメヨコバイは南九州の一部地域で「多い」、東海の一部地域で「やや多い」、チャノキイロアザミウマは北九州の一部地域で「やや多い」、さらにチャノホソガは東海南九州の一部地域で「多い」、近畿の一部地域で「やや多い」との予想。