報道では、小沢代表代行は日米FTAに対してJAグループなどが反対していることについて「農協は既得権を守る観点で発言している。相手にする必要はない」、「FTAでどのような状況になっても生産者が再生産できる制度をつくるといっているのだから何の心配もいらない」と発言したとされる。
これに対してJA全中は、「いかなる政党のものであれ、マニフェストに問題がある点について自由に意見を申し上げるのは国民に当然認めれた権利」と主張、「公党の幹部が選挙期間中のこのような時期に、農協が既得権を守るために運動をしていると批判したことはあるまじき発言といわざるを得ず極めて遺憾」として強く抗議した。
そのうえで食料の安定供給と自給率向上の重要性から日本農業を崩壊させる日米FTAには断固反対する立場で国民運動を展開していく、としている。