委員会は平成20年５月の第一次勧告で地方自治体の長が弾力的に行政を行うため、農業委員会に関する一律的な規制の見直しなどを勧告している。
　今回の勧告では農業委員会が行う農地の権利移動の許可など処理件数は減少傾向にあるなどと指摘し、「市区町村が地域の実情に応じ農地の管理も含め、農業政策全般を総合的に展開できるようにすべき」と強調し、全国画一的に定めるのではなく市町村の自由度を高めるべきと勧告した。
　具体的には、農業委員会の設置は市町村が自主的に判断して任意に選択できるよう改めることを求めた。
　また、農業委員会の設置を選択した場合も、情報公開の徹底が必要なことや、農業者以外の農政専門家が委員となれるよう市町村長が決定できるなどの弾力化も勧告した。