農業分野については17項目で対処方針が示された。
　農協等に対する独占禁止法適用除外の見直しについては、「独禁法のすべての適用除外について公正取引委員会が検証するなかで、農協等に対する独禁法適用除外について農業の健全な発展が阻害されるおそれがないか」公正取引委員会と農水省が連携して、実態把握と検証を早急に開始する、としている。
　連合会や１県１農協についてもこれを行い、22年度中に結論を得ると方針を示した。
　この問題についての分科会の基本的な考え方は小規模な事業者の協同を支援する必要性は否定しないとしつつも、農協は組合員数・取扱高ともに規模が大きく、一律に適用除外を認めることは独禁法制定時に想定されていたとは言い難い、というもの。
　新基本計画でも、意欲ある農業者が経営発展に取り組む環境を整備する必要がある、とされていることも指摘し、農協等に対して一律に適用除外とするのではなく、「適用除外が認められない場合を定めるべき」との考えを提示している。
　そのほか、農協に対する金融庁検査については、金融庁と農水省が都道府県と連携して検査を行うための基準・指針を策定することを22年度中に検討し結論を得るとした。公認会計士監査については、農協に対する監査の独立性、客観性、中立性の強化を22年度中に措置する方針だ。
　新規農協設立の弾力化については中央会協議条項を廃止する方向で22年度中に結論を出す。農業生産法人のさらなる要件緩和による企業の農地所有問題や農業委員会のあり方などの事項は23年度中に検討開始とされている。