宮崎県は宮崎市を中心に清浄性検査を実施、今回、疑似患畜が確認された農場（肉用牛繁殖）からは６月30日に９頭から採血した。７月４日、このうち３頭は抗体検査で陰性が確認できなかったことから、立入検査を実施した。
　その結果、１頭に口蹄疫特有の臨床症状がみられたことから、全頭（16頭）を疑似患畜として殺処分と埋却をすることとし、５日未明に完了した。農場から送られた検体は同日ＰＣＲ検査で陽性が確認された。
　疑似患畜・患畜とされ殺処分された頭数は合計で19万9309頭となった（ワクチン接種後の殺処分は除く）。
　山田正彦農相は５日午後、記者団に対し「まだまだ予断は許さないと言っていた。まだまだ川南町には生きたウイルスが糞尿とともにいっぱいいるわけですから、どこで出ても不思議ではない状況が続いていると思っている。しっかりと大事なときだから、消毒の徹底と、とくに人、物の接触には十分気をつけてもらいたい」、「気を緩めずにしっかりやってもらわなければいけない」と述べた。
　移動制限区域の解除は最終発生の殺処分完了後21日後。宮崎市の解除は最短で７月27日となる。