提言ではＴＰＰについては「農林水産業への影響にとどまらず『非関税分野』にも多大な影響がおよび『国のかたち』が変わることにも繋がりかねないため、慎重な対応が求められる」とした。
　そのうえでＴＰＰの段階的手続きについて（１）情報収集のための協議を行い、参加・不参加を判断する、（２）参加条件を詰める本格交渉、（３）国会による批准、とした。
　焦点になっていたのは（１）で、当初案では「事前協議」とされていた。これに「ＴＰＰを慎重に考える会」（会長：山田正彦前農水大臣）など慎重派は、参加を前提にするものだ、と反対し、最終的には単に「協議」とすることで合意した。
　提言では、この段階的手続きについて、「（１）で把握した事実関係を基に、（１）と（２）の間において、徹底的な検証と国民的議論を行うことを前提とする」ことが盛り込まれた。情報収集した結果をふまえ、国民的議論をするというものだ。
　山口座長は、この提言について「（情報収集したあと）一度、参加、不参加の判断をするということ」と参加を前提にして協議をするものではないことを強調した。
　山田前農水大臣はこのとりまとめについて「『検討』の範囲内で収まった。そういう意味では私どもの意に添うものと考えている」と評価したうえで、「これからが非常に大事な問題。国のかたちが変わっていく問題だから、しっかり党内論議も、国民を交えた論議も当然必要になってくる。政府は必ず今日の党のＰＴの決定に沿ってくれると確信している」などと語った。
　山口座長によると党内議論の経過を３日に菅総理に報告した際、基本方針の考え方について、総理は「農業の再生と強化」を第一とし、次に２国間で交渉するＥＰＡ（経済連携協定）方針を明確にするという順序で意見をまとめてほしい、との意向が示されたという。
　提言はそれを受け「経済連携の推進を考えるに際しては、何よりも先ず、食の安全・安定供給、食料自給率の向上、国内農林水産業・農山漁村の振興等を損なうことのないよう十分配慮し、経済連携の推進と農林水産業の再生・強化とを両立させることとする」と明記した。
　また、農政については総理を本部長とする「国内改革本部（仮称）」を設置し、「農業予算の大幅拡大」や農業の輸出産業化を図ることなどを盛り込んでいる。
　ただし、ＥＰＡについては日豪ＥＰＡの合意に向け取り組みを加速させることや、「米国等、まだＥＰＡ交渉に入っていない国・地域との二国間ＥＰＡを積極的に推進する」ことなども最終段階で付け加えられた。
　米国との交渉は昨年のマニフェストのようにＦＴＡ（自由貿易協定）との表現は避けられているが、具体的な国名を挙げてさらなる貿易促進を示したことや、その一方でＴＰＰについての「情報収集のための協議」としたことの整合性をどう図るのかなど、今後の方針が注視される。
【民主党の2009年マニフェスト】
○米国との間で自由貿易協定（FTA）の交渉を促進し、貿易・投資の自由化を進める。その際、食の安全・安定供給、食料自給率の向上、国内農業・農村の振興などを損なうことは行わない。