１例目の発生は宮崎市佐土原町の種鶏農場（約１万200羽）。１月21日に36羽が死亡したとの通報を受け、県が簡易検査したところ７羽中６羽でＡ型インフルエンザ陽性となった。その後、県の家畜保健衛生所の遺伝子検査でウイルスがＨ５亜型であることが判明、高病原性鳥インフルエンザ疑似患畜と確認した。
　これを受けて農水省は半径10kmの移動制限区域を設定するとともに、当該農場の殺処分の実施などを行うことを決めた。
　23日には佐土原町の北、児湯郡新富町の採卵鶏農場で約20羽の死亡が確認された。１例目の農場から8.5km離れており、移動制限区域内の農場。簡易検査の結果、６羽中５羽で陽性と確認された。
　その後の遺伝子検査でＨ５亜型の高病原性鳥インフルエンザの疑似患畜と確認された。
　当該農場の飼養羽数は約６万6000羽。養鶏団地全体では約41万羽（採卵鶏）いる。農水省はこの第２例めについては、当該農場だけではなく団地全体を疑似患畜として殺処分を行うこととした。合わせて周辺農場の感染状況の確認も行っている。