農林水産関係は207億円。二次補正の柱は（１）二重ローン問題対策と（２）原子力被害対策の２つ。
　（１）は「水産業共同利用施設復旧支援事業」（193億円）と「木質系震災廃棄物等の活用可能性調査」（１億円）。
　被災地域にある漁協や水産加工協同組合などの製氷施設や冷凍冷蔵施設の早期復旧や応急的な復旧、修繕に必要な機器等の整備を支援する。岩手、宮城、福島の３県は補助率３分の２。北海道、青森、茨城、千葉は２分の１。　また、木質系震災廃棄物や未利用間伐材などを活用したエネルギー供給をめざして、その利用可能性と地域にあった熱・電併給システム等の提案を行うための調査費用を計上した。
　原子力被害対策では農地の放射性物質の分布状況を調べるため、現在の約500地点を約3000地点に大幅に拡大するとともに、農地の空間線量率も測定する予算を計上する（２億円）。あわせて森林内と放射性物質の分布状況も調査する（２億円）。
　また、輸出する日本産食品・農産物について安全性が確保されていることについて世界市場に発信するなど「輸出農産物等信頼回復活動事業」もある（５億円）。