本省では総合食料局、に代わって新たに「食料産業局」が設置される。
　同局は農山漁村・農林漁業の６次産業化などを担当する。同局には▽総務課、▽企画課、▽新事業創出課、▽産業連携課、▽バイオマス循環資源課、▽食品小売サービス課、▽食品製造卸売課の７課と８室が設置される。
　また、これまで米麦政策と米の流通監視業務などを担っていた食糧部を廃止し、新たに生産局に畜産部に加えて「農産部」を設置。米麦のほか、園芸や農業環境対策など農畜産物生産全体を担当する。
　農産部には▽農産企画課、▽穀物課、▽貿易業務課、▽園芸作物課、▽地域作物課、▽技術普及課、▽農業環境対策課の７課と７室が設置される。また、生産局には「生産振興審議官」を設置する。
　米政策のうち、流通監視業務は消費・安全局に移管し同局の表示・規格課に「米流通監視室」を新設する。
　また、今回の再編で戸別所得補償制度の交付金と制度全体の総括は経営局が担うことになる。そのほか、政策評価、行政事業レビュー、業務のリスク管理など推進する体制強化のため政策評価担当の審議官と「評価改善課」を大臣官房に設置する。地方組織は、地方農政事務所を廃止し、地域センター（65カ所）と支所（38カ所）を設置する。

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