飼料用米についても、自治体が実施する玄米の放射性物質調査結果が判明するまでは出荷の自粛を求めた。
　玄米検査の結果、米の出荷・販売ができるようになった区域では飼料用米の出荷自粛も解除できる。
　ただし、玄米を単体飼料として利用する場合は、放射性セシウム濃度が暫定許容値（300ベクレル／kg）以下となった区域の飼料用米を利用することとしている。また、もみ米の形で単体飼料として利用する場合は、玄米調査結果を1.5倍して濃度を推計、その値が暫定許容値以下であることを確認して利用可否を判断するよう指導した。
　対象になるのは、新規需要米として生産された飼料用米だけではなく、主食用米の規格外米やふるい下米、自家利用する主食用米の飼料利用なども含め農水省は指導を徹底するとしている。