農協法では、全農の経営管理委員が全農と「自己契約」をする場合には、「全農の経営管理委員会」の承認が必要とされているが、「承認なく自己契約
　行った」ために「全農に損失をもたらし、他の組合員との間での不公平をもたらす可能性がある」。「このような事態は、全農のコンプライアンスが確立していないことを示す」ものであるとし、農水大臣名で業務改善命令が出された。
　具体的な内容は、４月20日までに発生した原因と再発防止策、責任の所在と関係者に対する処分などについて経営管理委員会で決定し、その後実施状況について、３カ月ごとに報告するというもの。
　ＪＡ全農では、13日の経営管理委員会で、該当する全農との「直接取引をＪＡ経由の取引に修正」するとともに、関係者の処分（経営管理委員は報酬自主返上20％、３カ月。関係職員の譴責、減給、出勤停止）を決定。
　さらに、再発防止策として、全農と役員個人（経営管理委員・理事）との取引きで「自己契約として経営管理委員会の承認が必要な取引は原則おこなわない」「役職員に対して、自己契約に関する法令遵守を徹底する」ことを決めた。