同時に表示の根拠を帳簿で確認したところ、未検査の原料玄米を使っているのに、産地、品種、産年などを表示していたものがあったという。
また、537点の商品のDNA分析をおこなったところ、91点(16.9%)に、表示と異なる品種が混入している疑いがあることがわかった。うち62点(68%)は販売業者に原因があり、残りは混入原因が不明だった。
農水省は、不適正な表示や表示内容が疑わしい商品、表示と異なる品種混入の疑いがある商品について、販売業者に指導をおこなった。また、都道府県域の1業者にJAS法にもとづく名称表示の除去命令をおこなったほか、316業者に対しては指導などをおこなった。