政府はこれまでの関係閣僚会議で各国の輸入規制について、実際に農林水産物・食品の輸出を行っている事業者から問題点と国などに求められる対応についてヒアリングするなど、輸出拡大に向けた課題を整理してきた。　その結果、牛肉輸出のための加工施設のＨＡＣＣＰ認定のスピードが遅いことや、同一の輸出物について複数の省庁で手続きが必要となっている実態などが明らかになった。また、国の省庁だけでなく自治体、保健所なども人手不足で手続きに時間がかかるといった問題も指摘された。
　これらをふまえ政府はこの日の会合で輸出先の輸入規制に対して政府一体となって戦略的に取り組む体制づくりを行うこととし、農水省に司令塔となる新たな組織を設置し植物検疫措置などをめぐる各国との国際交渉や輸出のための申請相談窓口を一元化するなどの体制を検討することを決めた。
　また、輸出国の規制に対応する品目別の国内の対応方針とスケジュールを盛り込んだ「工程表」も決め、新たな司令塔組織がこれを管理し、改定も行っていく。工程表には100の案件を盛り込み、今年中に即応すべき課題を26件挙げた。米国やＥＵへの牛肉輸出に取り組もうとしている業者からの申請について農水省、厚労省、自治体などが行うべきことを月ごとのスケジュールで示し進捗管理を図る。
　司令塔となる新組織は輸出を可能とする施設認定や衛生証明の発行などなど国の審査を農水省と厚労省がチームを組んで実施する体制を整備するほか、民間の検査機関を登録し検査に活用することで、休日も検査対応ができるなど輸出業務のサービスを拡大しスピードアップを図る。地方自治体と事業者の連携も促進する。
　農水省によると、最近はＥＵが乳製品輸入規制で農場段階での動物医薬品の残留検査を求めていることや、タイが選果場に衛生証明を求めるなど、生産段階の検査を求める傾向があるという。新しい体制ではそうした海外の規制に対応できる産地づくりも支援する方針だ。
　新たな組織の設置と体制整備については農林水産省設置法など法制度を含め検討する。名称と実施時期などは未定だが、農水省は速やかに体制を検討したいとしており秋の臨時国会にも法案が提出されることも考えられる。
　政府は2019年に農林水産物の輸出1兆円の実現をめざしている。