ワサビを染色体レベルでゲノム解読に成功 岐阜大学2023年7月19日
岐阜大学応用生物科学部の山根京子准教授と同学部四年生の山本祥平氏（研究当時）、東京工業大学生命理工学院の伊藤武彦教授および田中裕之研究員と同学部四年生堀立樹氏（研究当時）、情報・システム研究機構国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京都立大学の矢野健太郎教授の研究グループは、世界に先駆けてワサビのハプロタイプレベルでの高精度な全染色体参照ゲノム解読に成功した。
図1：ワサビ品種「真妻」の根茎
ワサビは日本原産の香辛野菜で、日本食文化に欠かせない重要な食材。近年の和食ブームの影響もあり世界的な需要も増加するなか、抗酸化作用や癌抑制作用など、機能性食品としても注目されている。
同研究グループは、ワサビの全ゲノムの高精度な解読に成功。植物材料は、全国わさび品評会において常に上位入賞し、現在最も市場価値が高い品種「真妻」を用いた（図１）。同研究では、次世代シーケンサー（PacBioおよびIllumina,）とHi-Cとよばれる染色体立体配座捕捉法を用いて染色体スケールのアセンブリを実施。その結果、ワサビは7本の染色体が４組からなる異質四倍体生物であることを明らかにした。また、7本x4組＝合計28本の染色体から構成される合計1,512.1 Mbの配列データを明らかにした。
図2：ワサビゲノムの特徴。サブゲノム内染色体および間の遺伝子の並びの保存性
どのくらい長い配列をつなげられたかを示す指標であるN50の長さは55.67 Mb。さらに、リードマッピングと系統解析により、28本の染色体を二組のサブゲノム、更にはそれぞれを二組のハプロタイプの割り当てに成功した。三種類の方法（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs、Merqury、Inspector）で評価した結果、得られたゲノム配列は高品質で完全性の高いものであることが示された。
今回明らかとなったゲノム配列は、遺伝や進化などの基礎研究、品種改良など農業分野、さらには在来や野生ワサビの保全のための情報整備など、多くの分野での活用が期待される。
同本研究成果は7月11日、Nature姉妹誌『Scientific Data』のオンライン版で発表された。
重要な記事
最新の記事
-
シンとんぼ（127）－改正食料・農業・農村基本法（13）－2025年2月1日 -
みどり戦略対策に向けたＩＰＭ防除の実践（44）【防除学習帖】第283回2025年2月1日 -
農薬の正しい使い方（17）【今さら聞けない営農情報】第283回2025年2月1日 -
2024年の農業就業者は180万人 前年比7万人減 総務省・労働力調査2025年1月31日 -
備蓄米の買い戻し条件付き売り渡しを諮問 農水省が食糧部会に2025年1月31日 -
殺処分対象911万羽 鳥インフルエンザ 国内48例目 愛知県で確認2025年1月31日 -
"人財"育てチームで改革（1） ＪＡみえきた組合長 生川秀治氏【未来視座 ＪＡトップインタビュー】2025年1月31日 -
"人財"育てチームで改革（2） ＪＡみえきた組合長 生川秀治氏【未来視座 ＪＡトップインタビュー】2025年1月31日 -
【世界の食料・協同組合は今】ＥＵ環境戦略の後退と戦略的対話 農中総研・平澤明彦氏2025年1月31日 -
【クローズアップ 畜産・酪農対策】生乳需給参加が事業要件 「欠陥」改正畜安法是正へ農水省方針2025年1月31日 -
（420）「いまトラ」をどう見るか【三石誠司・グローバルとローカル：世界は今】2025年1月31日 -
GI取得「かづの牛」など農産物・加工品6産品 農水省2025年1月31日 -
いちご観光農園「熊本あしきた いちごの森」オープン 「ゆうべに」「恋みのり」食べ放題 ＪＡあしきた2025年1月31日 -
シャキッと甘く 高級かんきつ「甘平」出荷始まる ＪＡえひめ中央2025年1月31日 -
全国の魅力的な農畜産物・加工品が勢ぞろい ＪＡ全農が商談会2025年1月31日 -
岩手県から至高の牛肉を「いわて牛・いわちくフェア」2月1日から開催 ＪＡ全農2025年1月31日 -
「国産米粉メニューフェア」銀座みのりカフェ・みのる食堂で開催 ＪＡ全農2025年1月31日 -
「はこだて和牛」など味わえる「ＪＡ新はこだてフェア」2月1日から開催 ＪＡ全農2025年1月31日 -
「ニッポンの食」で応援 全日本卓球選手権大会（ダブルスの部）に特別協賛 ＪＡ全農2025年1月31日 -
蔵出しミカンの出荷始まる 食味良く大玉傾向 ＪＡふくおか八女2025年1月31日
みどり戦略
注目のテーマ
注目のテーマ
ＪＡ人事
