ワサビを染色体レベルでゲノム解読に成功 岐阜大学2023年7月19日
岐阜大学応用生物科学部の山根京子准教授と同学部四年生の山本祥平氏（研究当時）、東京工業大学生命理工学院の伊藤武彦教授および田中裕之研究員と同学部四年生堀立樹氏（研究当時）、情報・システム研究機構国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京都立大学の矢野健太郎教授の研究グループは、世界に先駆けてワサビのハプロタイプレベルでの高精度な全染色体参照ゲノム解読に成功した。
図1：ワサビ品種「真妻」の根茎
ワサビは日本原産の香辛野菜で、日本食文化に欠かせない重要な食材。近年の和食ブームの影響もあり世界的な需要も増加するなか、抗酸化作用や癌抑制作用など、機能性食品としても注目されている。
同研究グループは、ワサビの全ゲノムの高精度な解読に成功。植物材料は、全国わさび品評会において常に上位入賞し、現在最も市場価値が高い品種「真妻」を用いた（図１）。同研究では、次世代シーケンサー（PacBioおよびIllumina,）とHi-Cとよばれる染色体立体配座捕捉法を用いて染色体スケールのアセンブリを実施。その結果、ワサビは7本の染色体が４組からなる異質四倍体生物であることを明らかにした。また、7本x4組＝合計28本の染色体から構成される合計1,512.1 Mbの配列データを明らかにした。
図2：ワサビゲノムの特徴。サブゲノム内染色体および間の遺伝子の並びの保存性
どのくらい長い配列をつなげられたかを示す指標であるN50の長さは55.67 Mb。さらに、リードマッピングと系統解析により、28本の染色体を二組のサブゲノム、更にはそれぞれを二組のハプロタイプの割り当てに成功した。三種類の方法（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs、Merqury、Inspector）で評価した結果、得られたゲノム配列は高品質で完全性の高いものであることが示された。
今回明らかとなったゲノム配列は、遺伝や進化などの基礎研究、品種改良など農業分野、さらには在来や野生ワサビの保全のための情報整備など、多くの分野での活用が期待される。
同本研究成果は7月11日、Nature姉妹誌『Scientific Data』のオンライン版で発表された。
重要な記事
最新の記事
-
シンとんぼ（119） －改正食料・農業・農村基本法（5）－2024年11月23日 -
みどり戦略対策に向けたＩＰＭ防除の実践 (36) 【防除学習帖】第275回2024年11月23日 -
農薬の正しい使い方（9）【今さら聞けない営農情報】第275回2024年11月23日 -
コメ作りを担うイタリア女性【イタリア通信】2024年11月23日 -
新しい内閣に期待する【原田 康・目明き千人】2024年11月23日 -
基本法施行後初の予算増確保へ ＪＡグループ基本農政確立全国大会に4000人 生産者から切実な訴え2024年11月22日 -
「適正な価格形成」国関与で実効的に ＪＡ群馬中央会・林会長の意見表明 基本農政確立全国大会2024年11月22日 -
ＪＡグループ重点要望実現に全力 森山自民党幹事長が表明 基本農政確立全国大会2024年11月22日 -
農林水産省 エン・ジャパンで「総合職」の公募開始2024年11月22日 -
鳥インフル 米モンタナ州、ワシントン州からの生きた家きん、家きん肉等 輸入を一時停止 農水省2024年11月22日 -
鳥インフル オランダからの生きた家きん等 輸入を一時停止 農水省2024年11月22日 -
11月29日「ノウフクの日」に制定 全国でイベント開催 農水省2024年11月22日 -
（411）「豚ホテル」の異なるベクトル【三石誠司・グローバルとローカル：世界は今】2024年11月22日 -
名産品のキャベツを身近に「キャベツ狩り選手権」開催 ＪＡ遠州中央2024年11月22日 -
無人で水田抑草「アイガモロボ」NEWGREENと資本業務提携 ＪＡ三井リース2024年11月22日 -
みのるダイニング名古屋店開業2周年「松阪牛ステーキ定食」特別価格で提供 ＪＡ全農2024年11月22日 -
【スマート農業の風】農業アプリと地図データと筆ポリゴン・eMAFF農地ナビ2024年11月22日 -
自動運転とコスト【消費者の目・花ちゃん】2024年11月22日
-
イチゴ優良苗の大量培養技術 埼玉農業大賞「革新的農業技術部門」で大賞受賞 第一実業2024年11月22日 -
「AGRIST Aiサミット 2024」産官学金オープンイノベーションで開催2024年11月22日
みどり戦略
注目のテーマ
注目のテーマ
ＪＡ人事
