ワサビを染色体レベルでゲノム解読に成功 岐阜大学2023年7月19日
岐阜大学応用生物科学部の山根京子准教授と同学部四年生の山本祥平氏（研究当時）、東京工業大学生命理工学院の伊藤武彦教授および田中裕之研究員と同学部四年生堀立樹氏（研究当時）、情報・システム研究機構国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京都立大学の矢野健太郎教授の研究グループは、世界に先駆けてワサビのハプロタイプレベルでの高精度な全染色体参照ゲノム解読に成功した。
図1：ワサビ品種「真妻」の根茎
ワサビは日本原産の香辛野菜で、日本食文化に欠かせない重要な食材。近年の和食ブームの影響もあり世界的な需要も増加するなか、抗酸化作用や癌抑制作用など、機能性食品としても注目されている。
同研究グループは、ワサビの全ゲノムの高精度な解読に成功。植物材料は、全国わさび品評会において常に上位入賞し、現在最も市場価値が高い品種「真妻」を用いた（図１）。同研究では、次世代シーケンサー（PacBioおよびIllumina,）とHi-Cとよばれる染色体立体配座捕捉法を用いて染色体スケールのアセンブリを実施。その結果、ワサビは7本の染色体が４組からなる異質四倍体生物であることを明らかにした。また、7本x4組＝合計28本の染色体から構成される合計1,512.1 Mbの配列データを明らかにした。
図2：ワサビゲノムの特徴。サブゲノム内染色体および間の遺伝子の並びの保存性
どのくらい長い配列をつなげられたかを示す指標であるN50の長さは55.67 Mb。さらに、リードマッピングと系統解析により、28本の染色体を二組のサブゲノム、更にはそれぞれを二組のハプロタイプの割り当てに成功した。三種類の方法（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs、Merqury、Inspector）で評価した結果、得られたゲノム配列は高品質で完全性の高いものであることが示された。
今回明らかとなったゲノム配列は、遺伝や進化などの基礎研究、品種改良など農業分野、さらには在来や野生ワサビの保全のための情報整備など、多くの分野での活用が期待される。
同本研究成果は7月11日、Nature姉妹誌『Scientific Data』のオンライン版で発表された。
重要な記事
最新の記事
-
ＪＡタウン「ローズポークおいしさまるごとキャンペーン」21日まで開催中2025年3月5日 -
医療研究に役立つ免疫不全ブタを小型化 広範な研究利用に期待 農研機構2025年3月5日 -
北海道十勝産ポップコーン TOHOシネマズ日本橋・六本木ヒルズで限定販売2025年3月5日 -
学生ビジネスプランコンテスト「JUMPVol.4」受賞チーム決定 AgVenture Lab2025年3月5日 -
「令和7年岩手県大船渡市における大規模火災」農業経営収入保険の支払い期限を延長 NOSAI全国連2025年3月5日 -
直進アシスト機能搭載 乗用全自動野菜移植機「PW200Rシリーズ」発売 ヤンマーアグリ2025年3月5日 -
鳥インフル 米インディアナ州からの生きた家きん、家きん肉等 輸入を一時停止 農水省2025年3月5日 -
窒素に頼らず肥料コストを削減 青森県でセミナー開催 農機具王2025年3月5日 -
大阪で食を支える先進企業が集結「あぐりナビ就活FES.」新卒・中途同時開催2025年3月5日 -
子育て、農業、福祉など35団体へ2000万円を助成 パルシステムグループ2025年3月5日 -
高温ストレス下で植物の発芽を調節 タンパク質の活性化機構を解明 明治大2025年3月5日 -
ミルクチョコ柿の種やアーモンドなど5種「亀田の柿の種 トレイルミックス」発売2025年3月5日 -
パルシステム公式X開設5周年記念プレゼントキャンペーン 17日まで実施2025年3月5日
-
タキイ種苗「2025年度 家庭菜園に関する調査」経験年数に関わらず人気は「トマト」2025年3月5日 -
3月は「蚕糸月間」3月14日を「蚕糸の日」に制定 大日本蚕糸会2025年3月5日 -
「農業者のための農協」貫く（1）ＪＡみっかび組合長 井口義朗氏【未来視座 ＪＡトップインタビュー】2025年3月4日 -
「農業者のための農協」貫く（2）ＪＡみっかび組合長 井口義朗氏【未来視座 ＪＡトップインタビュー】2025年3月4日 -
政府備蓄米売り渡し 2回目入札6万ｔ 速やかに準備を 江藤農相指示2025年3月4日 -
創刊100周年 第66回全国家の光大会レポート2025年3月4日 -
７年産主食用米高騰の弊害を考える【熊野孝文・米マーケット情報】2025年3月4日
みどり戦略
注目のテーマ
注目のテーマ
ＪＡ人事
