コシヒカリは現在日本で育種されている全品種のうちの36％を占め、ひとめぼれ、あきたこまちなどコシヒカリを改良した品種や、はえぬき、きらら397などコシヒカリの近縁種から改良された品種も含めると全作付け品種の８割ほどになる。
コシヒカリの遺伝的特徴を理解することは、日本に適したイネ品種を効率よく育成する上で非常に重要になる。
生物研では新型シーケンサーを使い、コシヒカリの全ゲノム（遺伝情報）塩基配列を解読し、すでに全ゲノムを解読済みであった日本晴と比較。約４億ある塩基対のうち、６万7051カ所の違いを特定し、コシヒカリの品種的起源、おいしさや光沢の秘密などをつきとめた。
矢野氏はこの解読によって「コメのおいしさを決める遺伝子を特定し機能を解明することで、よりおいしい品種の育成や、遺伝的多様性を保ったままの新品種開発」などにつなげたいと述べた。
